The human city of Zion defends itself against the massive invasion of the machines as Neo fights to

该片讲述卢卡斯前往智利南部的一个偏远小镇探望他的妹妹。在海雾前，他遇到了当地渔船上的船长安东尼奥。当他们之间的情感越来越强烈时，他们的力量、独立性与成年期，在浪潮面前就变得不可动摇。

尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择……